De geschiedenis van het Sint-Agnesbegijnhof telt heel wat eeuwen. In 1258 schenkt Willem van Rijckel, abt van de benedictijnen Sint-Trudo van 1248 tot 1272, een terrein in Sint-Truiden aan de begijnen, die dan in de stad verspreid zijn. De grond ligt buiten de stadswallen in de vallei van Cicindria.

In 1265 is de kerk van het begijnhof ingezegend en hebben de eerste begijnen hun intrede in het gesloten hof gedaan. Later is de kerk vergroot, verbouwd en hersteld na schades. De begijnhofkerk is het juweel van het begijnhof. Deze kerk is toegewijd aan de Heilige Agnes en staat centraal op het perceel. In 1797 is het begijnhof opgegeven en komen er ook niet-begijnen wonen.

In 1934 wordt de kerk overgedragen aan de “Vrienden van het begijnhof van Sint-Truiden”. In 1935 is de kerk ontwijd en als museum ingericht, nadat er een grondige restauratie heeft plaatsgevonden. Dit is een primeur in België. Er zijn muurschilderingen gerestaureerd door Cornelis Leggenhoek (1903-1971) uit Brugge.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog (1940-1945) loopt de kerk schade op door bombardementen. Vervolgens vinden herstelwerkzaamheden plaats. In 1970 is de Begijnhofkerk overgedragen aan de provincie Limburg. Daarna is er begonnen met de conservatie en restauratie van de muurschilderingen door het Brusselse Koninklijk Instituut voor het Kunstpatrimonium.

Sinds 1998 staat het begijnhof op de werelderfgoedlijst van de Unesco en in 2004 is het begijnhofplein heraangelegd.

De Begijnhofkerk is met name bekend om haar meer dan schitterende schilderingen. Het zijn niet alleen muurschilderingen, maar ook kunstuitingen op pilaren. Deze schilderingen bestrijken de periode van de 13e tot in de 17e eeuw en hieruit blijkt sterk de middeleeuwse geloofsbeleving. Veel middeleeuwse muurschilderingen zijn uit het begin van de 16e eeuw. Deze zijn aangebracht na het herstellen en verbouwen van de kerk in de periode 1489-1511. Er zijn taferelen gewijd aan het leven van Maria, namelijk de kroning van Maria (14e en 16e eeuw) en uit de 16e eeuw: de annunciatie of verkondiging van de boodschap aan Maria, tempelgang van Maria, huwelijk van Maria en Jozef, geboorte van Christus, dood van Maria met Tenhemelopneming en de rozenkrans. Ook zijn er muurschilderingen van onder meer Sint-Caecilia, Heilige Clara, Sint-Franciscus, Heilige Gertrudis van Nijvel, Heilige Goedele van Brussel, Sint-Hubertus en Heilige Lucia.

Het begijnhof ligt aan de Speelhoflaan te Sint-Truiden, net buiten het centrum.